理事会是研究所的决策机构，负责重大事项决策。理事会由高新区管委会和南京工业大学双方共同组建，其中管委会派员3名，南工大派员4名，省产业技术研究院派员2名。理事会设理事长1名，副理事长和理事若干。理事长由南工大派任，并可聘请领导、专家担任名誉理事长。
第一届理事会组成人员：
理事长：欧阳平凯
副理事长：刘庆、邵绘春、乔旭、应汉杰
理事：顾俊、陈洪、陈晓路、郭凯
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